菠菜种子是胞果，其果皮外层有一层薄壁组织，可通气和吸收水分，而内层是木栓化的厚壁组织，通气和透水困难。据实验，除掉果皮的菠菜种子较未去果皮的发芽率和发芽势均有所进步。菠菜种子在高温条件下发芽缓慢，发芽率较低，在25℃发芽率80%，发芽日数约4天；35℃发芽率仅20%，发芽日数8天。为此，夏秋耕种时，要先进行种子处理。破种处理在耕种前将聚合在一起的种子搓散，除掉种子上的刺，然后浸种催芽，有利于种子发芽，出苗又齐又快。比干种子直播早出苗3-5天。
低温处理用凉水浸种12小时，放在4℃的冷库或冰箱冷藏室里处理24小时，然后在20℃-25℃条件下催芽。也可将浸种后的种子吊在水并的水面上催芽。3-5天出芽后耕种。
过氧化氢溶液处理过氧化氢浸种能有用去除菠菜种子表皮的胶质层，进步发芽率，使菠菜耕种后出苗快且规整。办法是将过氧化氢溶液按1:4份额对水，经充沛拌和制造成20%-25%的过氧化氢水溶液。将制造好的过氧化氢水溶液盛于容器中，倒入种子时应边倒边用棒槌拌和，使种子都能均匀吸水；当气温低于20℃时，浸种时刻需100-120分钟，气温高于20℃、低于30℃时，浸种时刻60- 90分钟，气温高于30℃以上时，浸种时刻30-50分钟即可；催芽浸种后将种子从过氧化氢水溶液中捞出，随即用清水冲刷3-4次（边冲边滤水），滤水后盛于容器顶用湿布巾掩盖催芽；若种子老练适度且丰满，一般5-6天就有85%以上的种子发芽，耕种后2-3天即可齐苗，比惯例耕种提早6-8天出苗；用过氧化氢水溶液浸种处理前，应把自留的或购买的菠菜种子挑选晴天太阳下晒4-6小时，并除掉杂物和不丰满的种子；用百菌清水溶液对现已浸种催芽处理的种子进行灭菌处理；浸种催芽灭菌处理后的种子应及时耕种，大田（大棚）土壤要求湿润，耕种后覆土1-1.5厘米并加压，使土壤与种子符合；再用稻草帘掩盖，待有 10%-15%的麦苗出土时将草帘掀开。
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